Im Jahre 1991 wurde von Zoltán Göncz eine überraschende Entdeckung veröffentlicht, die die Frage mit großer Gewissheit beantwortet, wie Bach die Erscheinung des vierten Themas, des Haupthemas des Zyklus geplant hatte: Eines der auffallendsten Merkmale des Contrapunctus 14 ist, dass Bach in diesem Satz die Engführung ganzer Expositionen verwendete. Er „programmierte“ in die Exposition der ersten drei Themen die späteren Permutationsengführungen ein, dann wandte er diese Expositionen als „Programme“, „Algorithmen“ an. Es folgt aus der Logik der Quadrupelfugenkomposition – auch wenn es paradox erscheint –, dass die beim Vortrag des Werkes am spätesten ertönenden, alle vier Themen umfassenden Kombinationen bereits in der allerersten Kompositionsphase fertig vorlagen, da die Möglichkeit der Engführung aller vier Themen das sine qua non der Komposition einer Quadrupelfuge ist. Die Entdeckung der Permutationsmatrix war die wichtigste Voraussetzung dafür, dass eine dem Originalkonzept des Komponisten in größtmöglichem Maße nahe kommende Rekonstruktion verwirklicht werden könne.
